Op 1 september 1939 barstte de oorlog los tussen Polen en Duitsland. Niepokalanow werd omringd door troepen van het Duitse leger en overgeleverd aan hun willekeur. Reeds
vier dagen later moest Niepokalanow ontruimd worden op bevel van de gouverneur van Warschau. Pater Kolbe riep de communauteit bijeen en gaf de broeders opdracht veiliger oorden op te zoeken. Sommigen gingen naar andere kloosters, anderen naar familie of kennissen. Pater Kolbe nam afscheid met de woorden dat hij deze oorlog niet zou overleven. Pater Kolbe bleef in opdracht van zijn overste in Niepokalanow samen met nog een vijftigtal broeders en vijf paters.
Er volgden spannende dagen, waarbij de broeders zich elke dag onder leiding van Pater Kolbe op de dood voorbereidden. In de omgeving werd gebombardeerd en langs de grote weg kwamen soldaten voorbij van het verslagen Poolse leger, vluchtelingen, gewonden, verzwakte en hongerige mensen. Velen hielden halt bij Niepokalanow en Pater Kolbe liet iedereen binnen, begon zelf de gewonden te verzorgen en stond stervenden bij.
Na een bombardement dat verschillende gebouwen verwoestte, trokken half september de troepen van de Wehrmacht Niepokalanow binnen en vernielden alles: meubilair, kleding, keukengerei, maar vooral de kruisen en de beelden van de Onbevlekte moesten het ontgelden. Het machinepark bleef gespaard, waarschijnlijk met de bedoeling het te vervoeren naar Duitsland. Pater Kolbe bleef rustig: “De Onbevlekte heeft ons alles gegeven. Zij neemt alles terug. Zij weet heel goed hoe de zaken staan”.
Na deze inval werden Pater Kolbe en alle broeders met uitzondering van twee die voor de gewonden mochten blijven zorgen, opgeladen op vrachtwagens. Tegen eind september kwamen ze aan in kamp Amtitz bij Gebice. Het lijden daar werd door de broeders aanvaard met gelatenheid en uit liefde tot de Onbevlekte. Pater Kolbe hield hen voor dat hun hart nu een Niepokalanow moest zijn. Een broeder maakte van leem een beeld van de Onbevlekte en dat werd geplaatst in hun barak, die ze ook Niepokalanow noemden. Pater Kolbe hield er conferenties en was gedompeld in een onuitspreekbare vreugde en vrede. Hij moedigde zijn medebroeders aan, door het lijden aan God hun liefde te tonen. Pater Kolbe ging zelfs zover zijn schamele broodrantsoen te verdelen onder medegevangenen, ook om het vloeken te doen ophouden.
Begin november werden de broeders overgeplaatst naar Ostrezrow in Polen, waarschijnlijk door de welwillendheid van een katholiek commandant.
Ondertussen waren de achtergebleven broeders, waarvan een groot deel aan de deportatie ontsnapt was doordat ze zich in het ziekenhuis bevonden, belast met de verpleging van gewonden. Ondanks de aanwezigheid van de bezetter en ziekenverplegers drongen ongewenste personen de gebouwen binnen en roofden binnen korte tijd de voorraden kleding, papier en bouwmaterialen.
Na de overplaatsing werd Pater Kolbe met zijn medebroeders ondergebracht in een schoolgebouw van de paters Salesianen, waar ze toch enigszins vrijheid genoten. Ze slaagden er zelfs in daar hun jaarlijkse retraite te houden onder leiding van Pater Kolbe. Deze had een voorgevoel van een spoedige vrijlating en inderdaad, op 8 december, feestdag van de Onbevlekte, kwam het bevel naar huis terug te keren.
Het werk werd hervat maar nu niet zozeer voor het apostolaat dan wel om in de noodzakelijke levensbehoeften te voorzien en er ontstonden diverse werkplaatsen, waar echter de bezetter ook van profiteerde.
Ondertussen werd Niepokalanow door het Rode Kruis gebruikt als ziekenhuis. Iedereen werd met christelijke gastvrijheid ontvangen, Pater Kolbe liet warm eten voor de zieken klaarmaken en verstrekte hout en steenkool voor de barakken. Ook enkele honderden Joden zochten hun toevlucht tot de Stad van de Onbevlekte en voor de kloosterlingen was het een mooie gelegenheid om apostolaat te doen. De aanwezigheid van de Joden vergrootte echter wel de waakzaamheid van de Nazi’s.
De paters die zich noodgedwongen schuil moesten houden, werden door Pater Kolbe middels correspondentie op de hoogte gehouden van allerlei nieuws over de andere broeders en
over Niepokalanow zelf. Tevens hield hij in hen de vlam van mariale idealen brandend. Pater Kolbe realiseerde zich dat het klooster beschermt tegen de verleidingen van de wereld en het voor de ondergedoken broeders dus moeilijk kon zijn hun geloften trouw te blijven. In de wereld schuilen immers de gevaren van geld, luxe, omgang met andere mensen, het geweten wordt minder zuiver en fijngevoelig en de kloosterling kan verslappen.
Geleidelijk aan kwamen er kloosterlingen terug en het aantal groeide aan tot ongeveer 600. Het regelmatige kloosterleven kon ook weer enigszins hervat worden, er waren weer novicen en er werd les gegeven, er was contact met de stad in Japan en dat alles terwijl broeders ook hielpen aan het herstel van beschadigde huizen in de omgeving en het Rode Kruis zijn ruimten nog opeiste. Met Kerst 1940 waren er ongeveer 3000 gedeporteerden in het klooster. Ook zorgde Pater Kolbe evengoed voor de Duitse soldaten die op zijn terrein munitie bewaakten, ondanks grofheden en slechte behandelingen van hun kant.
Pater Kolbe dacht ook weer met de publicatie van het tijdschrift “De Ridder” te beginnen, in het Pools en in het Duits voor de soldaten. Pater Kolbe verkreeg toestemming tot drukken
van de Duitse gouverneur-generaal, maar alleen in het Pools. Er verscheen een sober tijdschrift, juist voor 8 december 1940, het enige nummer dat in oorlogstijd uit zou komen, met enkele nuttige mededelingen en een laatste artikel van Pater Kolbes hand.
De Duitsers, die zagen dat hij ongewone talenten en bekwaamheden had om eenieder voor zich in te nemen, wilden hem voor hun karretje spannen om het Poolse volk te beïnvloeden. Zij stelden hem voor de Duitse nationaliteit te aanvaarden en zich in te laten schrijven op de lijst van “Duitsers van origine”, gezien zijn naam en de afstamming van zijn familie. Pater Kolbe echter verwierp het voorstel en antwoordde dat hij steeds een zoon van Polen was
geweest en dat wilde blijven. Mede door zijn openlijke trouw aan het vaderland is zijn naam nu glorierijk in Polen en wordt hij gerekend onder de nationale helden.
Pater Kolbe, die een voorgevoel had dat hij binnen niet al te lange tijd gearresteerd zou worden, hield elke avond bijeenkomsten met zijn medebroeders waarbij hij kleine toespraken
gaf, meestal over de liefde tot de Onbevlekte, welke met zorg door de broeders genoteerd en zo bewaard bleven.
Op 17 februari 1941 werd Pater Kolbe samen met vier andere paters door de Gestapo gearresteerd en in Warschau opgesloten in de gevangenis van de Pawiak. In die tijd werden miljoenen Polen gedeporteerd, verjaagd of gevangen genomen vooral met het doel de Polen, die bekend stonden om hun cultuur en sociale invloed, te verdelgen. De overste van Pater Kolbe deed pogingen om de vrijlating van de paters te bewerken o.a. door bemiddeling van invloedrijke personen. Toen bleek echter dat er door een broeder, die om disciplinaire redenen door Pater Kolbe uit de orde was gezet voordat hij zijn eeuwige geloften had afgelegd, een aanklacht was ingediend die mede de grond vormde voor de arrestatie. Later kwam uit dat deze man door de Gestapo bedrogen was en zonder het te willen hun slachtoffer te zijn. Hij tekende een verklaring, opgesteld door een tolk in de Duitse taal, die hij niet beheerste en daarin stond de door de Gestapo opgemaakte aanklacht tegen Pater Kolbe. Geen moment twijfelde men echter aan de onschuld van Pater Kolbe. Nooit had hij in zijn conferenties gerept over politieke zaken en nooit hadden de agenten van de Gestapo hem kunnen betrappen op ook maar een enkel woord waarop een aanklacht of veroordeling zou kunnen steunen. De broeders van Niepokalanow beminden Pater Kolbe zodanig, dat een twintigtal spontaan een verzoek indiende bij de commandant van de Gestapo te Warschau om hen allen
te aanvaarden als gevangenen in de plaats van Pater Kolbe en dat ze bereid waren alle beschuldigingen op zich te nemen met alle bijbehorende gevolgen. Hun verzoek werd niet ingewilligd.
Zoals we zagen, kwam Pater Kolbe met de andere paters terecht in de Pawiak van Warschau, de gevangenis waar ze tijdelijk verbleven in afwachting van deportatie naar een concentratiekamp. Na enkele weken verlieten de overige paters de gevangenis; Pater Kolbe bleef langer want wegens een longontsteking moest hij naar de ziekenafdeling. In de gevangenis viel hem een harde behandeling ten deel wegens zijn habijt en het belijden van zijn geloof. De andere gevangenen waren vol lof over hem en schaarden zich om hem heen om hem te horen spreken. Hij gaf moed, sterkte en vertrouwen aan de medegevangenen en was zo voor allen een model en voorbeeld.
Zelfs het Poolse personeel in de gevangenis was van Pater Kolbe gaan houden en probeerde op alle mogelijke manieren een transport naar een concentratiekamp te voorkomen, maar uiteindelijk tevergeefs. Eind mei werd Pater Kolbe op transport gezet.
